Tres años despues de la uncion de la Ciudad Satelite de Ventanilla, un grupo de padres de familia y vecinos de la localidad gestionaron ante las autoridades del Ministerio de Educacion, la creacion de un Colegio Cooperativo Mixto de Educacion Secundaria con sede en la Ciudad Satelite de Ventanilla anexo al Colegio Nacional de Varones "Hipolito Unanue" de Mirones - Lima, mediante la Resolucion Ministerial N° 1083 del 2 de abril de 1963.
Este plantel inicio sus actividades el 16 de mayo de 1963 en un local cedido por la Ex Junta Nacional de Vivienda, designado originalmente, a un jardin de infancia en la calle 14 esquina con la Av. Dalias, bajo la Direccion del Profesor Raul Tupacyachi Segura en calidad de Coordinador Jefe con dos secciones, primero y segundo años 53 alumnos y 12 profesores.
Por gestion del Diputado por Lima, Dr. Juan Manuel Vasquez se dicto la Resolucion Suprema N° 526 de fecha 23 de octubre de 1963 por medio de la cual se dispone que el Colegio Cooperativo Mixto de Educacion Secundaria funciona partir del mes de abril de 1964 como Colegio Nacional Mixto "Nuestra Señora del Belen" siendo su primer Director el Profesor Raul Tupacyachi Segura y el primer Secretario Sr. Elias Lara Tello.
Las actvidades del nuevo plantel se iniciaron en abril de 1964 con 320 alumnos y 22 profesores. Se comenzo la construccion del nuevo local gestionado por el Profesor Raul Tupacyachi Segura y el presidente vitalicio de la Asociacion de Adjudicatarios Dr. Pedro Beltran Espantoso colocando la primera piedra el 19 de marzo de 1964 en la calle 13 con la Av. Iris con mas de 9 mil m2 de extension y su estadio deportivo.
El 6 de julio de 1966 por Resolucion N° 939 se creo la seccion nocturna Mixta Anexo al C.N.Mx. "Nuestra Señora del Belen" la misma que funciona desde el mes de abril de 1967.
En 1975 se crea la Seccion Primaria de Menores del colegio Belen siendo su Primera Sub Directora la Señorita profesora Yolanda Guerra Cordoba.
En la actualidad se desempeña como encargada de la sala Directiva la Mg. Nancy Rocio Vidal de Portella.